Особенности природных условий, горный рельеф, маломощность почвенного покрова и природная неустойчивость увлажнения обусловливают высокую чувствительность горных сообществ Тянь-Шаня к антропогенному воздействию, что обязывает к особо тщательному контролю природопользования. Практическое решение многих задач по охране горных экосистем прямо или косвенно связано с охраной уникальной растительности гор и сохранением всего разнообразия животного мира.

Редкие виды зверей и птиц на территории республики стали охраняться еще с принятием первого охотничьего законодательства в 1930 г. Положением об охоте и охотничьем хозяйстве на территории Киргизской ССР запрещалась добыча 10 видов зверей, 9 видов промысловых птиц и всех видов соколов, сов и певчих птиц.

Это информация только о видах, занесённых в Красную Книгу. Очевидно, что положение ещё хуже, так как никаких исследований в течение долгого времени не проводилось, поэтому вероятность исчезновения видов намного больше. Немедленной защиты требуют крупные копытные животные и другие млекопитающие, хищные птицы, амфибии и змеи.

Большое экономическое значение для республики представляют экосистемы естественных трав, используемых для пастбищ и лугов. Все они серьёзно пострадали от неблагоприятной деятельности человека. Почти 70% пастбищ подвержены эрозии и деградации. Пониженная нагрузка на более отдалённые пастбища может помочь им восстановиться, однако, в результате предыдущего чрезмерного стравления, в восстановлении будут преобладать разновидности сорняков.