Несмотря на свои малые размеры, Кыргызстан обладает относительным богатством – разнообразием видов (около 1% всех известных биологических видов разместились на 0,13% суши).

Плотность распространения видов в Кыргызстане.

Богатство биоразнообразия гор Кыргызстана определяется следующими особенностями:

• Чёткое повысотное распределение флоры и фауны;
• Мозаичная структура окружающей среды;
• Горизонтальное и вертикальное многообразие климатических условий;
• Геологическая история Тянь-Шаня и Памира благоприятствовала сохранению реликтовых и эндемичных видов и экосистем;
• Широкая сеть смежных горных систем позволяет заселение видов из противоположных биогеографических зон

Почти все типы растительных сообществ, являющихся характерными для евразийского континента найдены в Кыргызстане. Половина всех разновидностей растений, произрастающих в Центральной Азии, найдены в Кыргызстане, что составляет почти 90% всех видов и 70% всех классов.

Флора Кыргызстана характеризуется высокой степенью эндемизма. По крайней мере, 200 видов найдены только в Кыргызстане.

Неэффективное использование горных ресурсов.

Использование горных ресурсов страны в будущем без противодействия негативным аспектам может нанести описываемым экосистемам невосполнимый ущерб:

• Пастбища вокруг деревень будут окончательно выбиты животными, что вызовет ещё большие масштабы эрозии почв и снижение их продуктивности;
• Естественная среда обитания диких животных и растений будет утрачена, пострадает биоразнообразие, всё это снизит потенциал для туризма и отдыха;
• В меньшем количестве вода будет доступна в горных и, особенно, в долинных районах (главным образом в течение летнего времени) и пострадает её качество, сокращая тем самым возможности сельскохозяйственного производства, главным образом в долинных районах;
• Если по-прежнему электроэнергия будет вырабатываться на централизованных гидроэлектростанциях и в увеличивающемся количестве, это потребует большого количества субсидий.

Всё это будет способствовать сокращению доходов и увеличению бедности населения горных районов, дальнейшему ухудшению их экономического положения, сокращению их влияния на решения, принимаемые в отношении горных областей. Институциональная инфраструктура (образование, здравоохранение и др.), физическая инфраструктура (транспортные и ирригационные коммуникации), социальные и культурные ценности будут разрушаться, а миграция из горных областей будет усиливаться. Это резко снижает возможности противостоять этническим или религиозным конфликтам.

Увеличение бедности, в свою очередь, приведёт к злоупотреблениям в использовании ресурсов и, следовательно, к снижению производительности, к дальнейшему увеличению бедности.

В долинных регионах мигранты будут создавать социальные проблемы. Население долин в соседних странах будет страдать из-за недостатка воды, что усилит политическое напряжение и опасность конфликтов между странами.

Антропогенное воздействие на биоразнообразие.

Снижение биоразнообразия – индикатор падения естественного восстановления природных ресурсов.

Ряд ценных горных экосистем уже почти исчез, например лесной покров уменьшился, по крайней мере, на 50% за последние 50 лет.

В настоящее время 92 вида животных и 71 вид растений находится под угрозой исчезновения. Это составляет приблизительно 1% от общего числа видов в Кыргызстане, правда, эта цифра неравномерно распределена по разным заказникам. Из этого числа 13 млекопитающих, 32 птицы, 3 рептилии, 2 вида рыб, 17 видов насекомых и 65 видов растений внесены и Красную Книгу. Главная причина исчезновения видов – разрушение естественной среды обитания, вызванное хозяйственной деятельностью человека и, как следствие, непосредственным уничтожением этой среды.