Национальная система заповедников была унаследована от Советского Союза. В целом было образовано 86 охраняемых районов общей площадью в 777300 га, или 3,9% территории Кыргызстана. Существует 6 заповедников (строго охраняемых зон), 1 национальный парк, 5 природных заповедников, из которых абсолютное большинство расположено в горных местностях. В заповедниках запрещена любая экономическая деятельность. Каждый из них имеет специфические объекты охраны. Другие виды заповедных зон охраняются менее строго. Список всех охраняемых территорий включён в Стратегический план действий по охране биологического многообразия Кыргызстана.